小姑娘希达（SHEETA）是传说中“天空之城拉普达（Laputa）”王族的后裔，那曾是超越地上文明不知几千年的空中文明，但不知为何，希达的祖先离开“天空之城”，抛弃发达的科技，在地面上过起隐居的生活。然而一天，几个不明身份的男子出现在她家门口。
故事由希达所坐的军队飞行船遭到空中海盗的袭击而开始。争斗中希达从万米高空的飞行船上跌落下来…… 故事另外一个主人公少年巴鲁（PASU）是矿工机师的学徒，这一天收工时，发现天上有个亮晶晶的东西正在慢慢地下落。他飞也似的跑过去，发现是一个好可爱的女孩子，在一团蓝光的包围下从天上飘下来了
